臥雲山即宗院は、薩摩藩(現・鹿児島県)東福寺城の守護大名であった六代目島津氏久(1328-1387)の菩提のため、南北朝元中4年(北朝嘉慶元年=1387)、剛中玄柔和尚(東福寺第五十四世住持)を開基として創建された。院号は氏久の法名「齢岳玄久即宗院」に由来する。永禄12年(1569)に焼失したが、慶長18年(1613)島津家久が再興した。
以来、薩摩藩の畿内菩提所とされ、藩より七十石が施入されるほど深い関係が結ばれてきた。現山門は、再興時のもので、門の左右に安置された仁王像は石造りで、本山塔頭寺院の山門仁王としては稀有な存在である。
開山剛中玄柔和尚(1318-1388)は、薩摩藩主の猶子(養子)として豊後国(現:大分県)に生まれた。東福寺住持第三世大明国師(南禅寺開山)の法嗣玉山玄提師事し、その法を継承したのち大慈寺(鹿児島県)・南禅寺・東福寺に歴任した。その間中国の元に渡り、6年間仏教と儒学を学び、朱子学の権威となった。また、帰朝時には大蔵経を請来し、本院に寄贈している。嘉慶2年5月27日、世寿71歳で入寂した。
平安時代後期、関白藤原忠道(近衛家)はこの地に御所の東御堂を建立した。忠道の子、公家九條家の始祖である兼実は、建久7年(1196)に関白を辞して後、自身が別称「月輪殿」と呼ばれたことにちなみ、山荘「月輪殿」とした。本院庭園はその跡地である。大平洋戦争後荒廃したが、玄之和尚が復興に心血を注ぎ、昭和52年に庭園文化研究所森薀博士(元東大教授)等の指導で往時の面影が復元され、京都市史跡に指定された。
室町時代後期の庭園としては類い稀な公家寝殿造系で、鈎の手(「心」)になった池の地割り・瀧の位置など、その往時が偲ばれる。『法然上人絵伝』巻八段五(国宝・知恩院蔵)に描かれ、法然上人が藤原兼実に法話を行った真正なる史跡であり、法然上人に頭光が現われた聖地でもあります。